Bioinformatici

V predchádzajúcich piatich číslach .týždňa sme sa v rubrike .veda venovali bioinformatike. Celú sériu pripravili manželia Broňa Brejová a Tomáš Vinař. Dva články napísali, ďalšie tri u autorov objednali a zredigovali.

Broňa a Tomáš sú v niečom typickými predstaviteľmi mladej slovenskej vedeckej generácie. Vyštudovali na Slovensku, PhD si urobili na zahraničnej univerzite, a potom nejaký čas pracovali na ďalšej zahraničnej univerzite. Menej typické je, že sa prednedávnom vrátili a dnes učia na bratislavskom matfyze. Priniesli so sebou skúsenosti, kontakty, výskumné témy a dokonca aj nejaké peniaze z európskych grantov. Spýtali sme sa, aké mali na to dôvody.

My sme sa vrátili spolu. Ale v nejakom zmysle sa dá povedať, že sme sa vrátili jeden kvôli druhému, pretože robíme v tej istej oblasti a práca pre dvoch sa nehľadá ľahko. Akademické dvojice si len ťažko hľadajú dobré miesto, aj keď nepracujú v tom istom odbore – hovorí sa tomu „two body problem“ – no a nájsť dve miesta v rovnakom odbore je ešte oveľa ťažšie, hoci nie úplne nemožné. My sme napríklad mali možnosť zostať v Kanade, ale nakoniec sme sa vrátili na Slovensko. Aj keď, tam by sme mali, samozrejme, oveľa vyššie platy. 

Určite nie sú, ale nám pri rozhodovaní pomohlo, že sme získali granty Európskej únie. Ide o reintegračný grant na štyri roky, ktorým sa EÚ snaží pritiahnuť späť do Európy vedcov, ktorí určitý čas strávili v zámorí. Z grantu dostávame príplatok k platu a používame ho aj na výdavky spojené s naším výskumom. Takže finančné hľadisko nemusíme počas týchto prvých štyroch rokov brať až tak veľmi do úvahy. A v našom rozhodovaní hrali určite úlohu aj vzťahy k širšej rodine, vzťahy k našej fakulte a tiež to, že tu sú dobrí študenti.

V tej úplnej špičke sa s nimi asi nemôžeme porovnávať. Ale študenti tam majú veľký výber školiteľov a na svoj výskum by som asi nepritiahla tých úplne najlepších. Takže moji študenti tu na Slovensku sú v skutočnosti lepší ako tí, ktorých by som mohla mať v Kanade. A navyše sú zadarmo. V Kanade aj v Amerike si treba doktorandských študentov platiť, v Kanade treba platiť aj magisterských študentov. Za to, že študent robí výskum spojený so svojou diplomovkou alebo dizertačnou prácou, mu treba zohnať z grantov okolo desaťtisíc dolárov ročne. Na Slovensku magisterskí študenti spravidla nie sú platení a doktorandi 

dostávajú štipendium od fakulty.

Robíme na rôznych bioinformatických témach, pričom študenti robia hlavne informatickú prácu a ja robím viac biologickú. Aj mňa by bavila informatická časť, ale to nechávam študentom, aby mali zaujímavé problémy na rozmýšľanie. V tej mojej biologickej práci nejde o výskum v laboratóriu, ale o aplikovanie informatických metód na známe biologické dáta. Pre študentov informatiky nie je ľahké vyznať sa v biologických dátach a pre biológov zas nie je ľahké používať informatické techniky. A keďže moji študenti sú z Fakulty matematiky, fyziky a informatiky, tak je prirodzené, že dôraz je na tej informatickej časti.

Sú to dve témy. Jednou je hľadanie génov a iných častí genómu, ktoré majú nejaký špecifický význam. Čiže rôznymi štatistickými metódami vlastne hľadáme v ľudskom genóme nejaké časti, o ktorých vieme povedať, že niečo robia. Druhou témou je skúmanie evolúcie. Tam sa zaoberáme všelijakými pravdepodobnostnými modelmi, ktorých úlohou je vysvetliť, ako sa asi mohlo stať, že genómy rôznych organizmov sa líšia tak, ako sa líšia. Tie modely v sebe obsahujú náhodný prvok, v ktorom sú zahrnuté rôzne biochemické poznatky, a obsahujú v nejakej forme aj prírodný výber, ktorý odstraňuje to, čo nefunguje. Nastavovaním parametrov tých modelov sa snažíme zistiť, ktoré vplyvy boli pre evolúciu veľmi dôležité a ktoré menej.

My sme vyštudovali tu v Bratislave čistú informatiku a postgraduálne štúdium sme absolvovali na University of Waterloo v kanadskom Ontariu. Išli sme tam so zámerom, že budeme robiť teoretickú informatiku, ale školiteľ nás presvedčil, že bioinformatika by možno bola zaujímavejšia a  poskytne lepšie možnosti uplatnenia po skončení školy. Pracovalo tam dosť veľa ľudí nadšených pre bioinformatiku, a tak sme sa na to dali. Bolo to pritom stále ešte dosť informatické, vymýšľali sme nové algoritmy a podobne. Potom sme išli na dva a pol roka na Cornell University v štáte New York a tam už sme robili na veciach, v ktorých bol dôležitejší biologický výsledok.

Oboje. Hoci, asi ma ešte stále trochu viac baví informatika. Stále som viac informatik ako biológ. Najviac ma poteší, keď vymyslím algoritmus, ktorý je nejakým spôsobom pekný. Niekedy sa potom zistí, že to nie je ten najúčinnejší algoritmus, ale aj tak mám najradšej veci, ktoré sú elegantné, majú zaujímavú myšlienku a sú matematicky pekné.

Keď sme odchádzali do Kanady, išli sme tam s tým, že sa vrátime na Slovensko. Neskôr to už nebolo celkom jasné, ale rozhodlo to, že každý z nás tu má nejaké rodinné väzby, a potom tam bolo aj veľa profesionálnych dôvodov. Chceli sme pracovať spolu, lenže získať v jednom odbore dve miesta je veľmi ťažké. Možno by to bolo ľahšie, keby jeden chcel robiť len vedu a druhý učiť, ale my obaja radi učíme a chceli sme pracovať s dobrými študentmi. A vedeli sme, že takých študentov je na Slovensku pomerne veľa.

V informatike, matematike a fyzike už niekoľko desaťročí funguje veľmi dobrý systém vyhľadávania talentov a starostlivosti o ne. Začína sa to korešpondenčnými seminármi pre stredoškolákov, ktoré pozostávajú zo súťaží v riešení úloh, po ktorých nasledujú sústredenia pre najúspešnejších riešiteľov. Tam tie detváky zistia, že ich to baví, a to potom veľmi zaváži pri ich rozhodovaní o ďalšom štúdiu. Na korešpondenčné semináre nadväzuje rozumné vysokoškolské štúdium. Študenti našej fakulty (FMFI UK – pozn. redakcie) spolu s niektorými učiteľmi potom organizujú korešpondenčný seminár pre ďalšiu generáciu stredoškolákov. Je to taká niekoľkostupňová štruktúra, ktorá je veľmi efektívna.

Funguje. Z bývalých riešiteľov korešpondenčných seminárov sa neskôr stávajú ich organizátori. Tí študenti tvoria v rámci fakulty nie príliš početnú, ale výraznú skupinu. Ja som bol štyri roky hlavným organizátorom informatického seminára a mal som k tej skupine veľmi pozitívny vzťah. Ten vzťah mi dodnes splýva so vzťahom k celej fakulte, ktorá je k organizátorom seminárov veľmi ústretová. Ale obávam sa, že v ostatných študentoch nedokáže fakulta vybudovať podobný silný vzťah a pocit spolupatričnosti.

Pretože sa nevenuje skoro nijaká pozornosť budovaniu prostredia pre študentov. Na Univerzite vo Waterloo a na Cornellovej univerzite bolo vidno, že vedenie fakúlt sa snaží, aby škola nebola pre študentov len miestom, kam chodia na prednášky a skúšky. Podporujú študentské spolky, vytvárajú podmienky na to, aby študenti trávili v škole veľa času aj mimo vyučovania a aby sa v nich vytvárali aj iné väzby, než len tie, ktoré vytvára samo štúdium. Ľudia z prostredia korešpondenčných seminárov to intenzívne zažívajú aj na našej fakulte, ale u ostatných to nevidím. Možno sa mýlim a niečo také v skutočnosti existuje, ale ja to fakt nevidím.

Pravda je, že sme zháňali miesto v Amerike alebo Kanade a pravda je aj to, že sme miesto zohnali, ale na univerzite s horšími študentmi. Takže sme museli zvažovať na jednej strane negatíva návratu, ktorými sú napríklad platy a neporovnateľne nižšia stabilita financovania vedy, a na druhej strane pozitíva, medzi ktorými hrali podstatnú rolu citové väzby. A to aj citové väzby k prostrediu korešpondenčných seminárov. Ale mohlo sa to ľahko prevážiť aj na opačnú stranu a teraz by sme boli niekde na severe Kanady.

Výskum nás obidvoch veľmi baví, ale keď som si na Cornellovej univerzite vyskúšal, čo je to robiť iba vedu, tak som jasne pocítil, že výskum bez učenia ma až tak nebaví. Ak mám byť produktívny, tak potrebujem kontakt so študentmi. A aby sme mali dobrých študentov aj naďalej, treba udržať pri živote korešpondenčné semináre. To je jedným z mojich cieľov. Ak by študenti prestali chodiť na túto fakultu a semináre by zanikli, bola by to obrovská škoda.