Nebol však žiadnym lacným kritikom, bol hlasným intelektuálom, ktorému často nevedeli oponovať ani najväčší teologickí učenci svojej doby. Küngova tvrdá a premyslená kritika katolicizmu doviedla mnohých jeho odporcov k presvedčeniu, že je najvýznamnejšou hrozbou teologického rozvratu od čias Martina Luthera.

Ako prominentný katolícky liberál 20. storočia kritizoval hlavne cirkevnú politiku a jej zasahovanie do verejného života, pápežskú neomylnosť, fixovanie sa na protipotratovú rétoriku, celibát, bránenie sväteniu žien, vzťah cirkvi k LGBTI komunite, katolícku interpretáciu pekla a mnoho iného. Vyjadril sa dokonca, že budhizmus a judaizmus sú v mnohom funkčnejšie náboženstvá ako katolicizmus, ktorému vyčítal totalitné prvky fungovania.