slovenská informačná služba vznikla ako reakcia na potrebu vytvoriť vlastnú spravodajskú službu v čase, keď vznikal samostatný štát. Predchodkyňa SIS bola Federálna bezpečnostná informačná služba, ktorá zanikla v roku 1992 spolu s Česko-slovenskou republikou. 

Prvým riaditeľom sa po vzniku SIS stal Vladimír Mitro, ktorému túto funkciu ponúkol Vladimír Mečiar. Novú spravodajskú agentúru musel údajne budovať na zelenej lúke. „Na jar roku 1993 mi premiér Mečiar ponúkol túto funkciu. Dva dni som premýšľal, či prijmem. Rozhodol som sa kladne, pretože ma lákalo poznanie novej sféry. Okrem toho mi úradovanie na ministerstve prestalo prinášať nové poznatky, chcel som zmeniť pracovné prostredie. Spočiatku som mal v ruke iba vymenúvací dekrét, nič viac. Nevedel som ani, kde mám sedieť. Chodil som po úradoch a prosil o pridelenie miestnosti. Bolo treba prijímať ľudí a budovať službu,“ povedal Mitro pre médiá o svojich začiatkoch.

V SIS-ke však začali pracovať aj členovia komunistickej Štátnej tajnej bezpečnosti. Mitro odstúpil 23. februára 1995 po politickom tlaku toho istého Mečiara. Údajne od neho premiér chcel, aby odpočúval novinárov. 

lexova éra

Najhoršie sa do histórie zapísal druhý riaditeľ SIS Ivan Lexa. Lexa bol blízky spolupracovník premiéra Vladimíra Mečiara. Spočiatku ho prezident Michal Kováč ani nechcel vymenovať. Kvôli Lexovi sa musel zmeniť zákon, pretože vtedajší prezident Michal Kováč odmietol Lexu vymenovať, nemal prezidentovu dôveru.

Po zmene legislatívy ho vymenoval premiér Vladimír Mečiar. Ivan Lexa ako riaditeľ SIS má na svedomí kontroverzné kauzy tajných služieb v histórii Slovenska. SIS mala zavliecť Michala Kováča ml. do rakúskeho Hainburgu, aby zdiskreditovala jeho otca prezidenta Kováča, ktorý mal spory s premiérom Mečiarom. V prípade mal figurovať aj bývalý „eštebák“ Jaroslav Svěchota, ktorý mal v SIS na starosti „špinavú prácu“.

Spočiatku tento škandál vládna moc označila ako „samoúnos“. Policajný vyšetrovateľ Peter Vačok únos začal vyšetrovať, ale prokuratúra to stopla. O nevyšetrenie mal záujem aj Lexa. Jeho veta adresovaná vtedajšiemu ministrovi vnútra Ľudovítovi Hudekovi hovorí za všetko: „Keď ho kopneš do gúľ, dám ti pusu na čelo.“  Najhorší zločin pripisovaný SIS je vražda Róberta Remiáša, ktorý zhorel v aute, keď v ňom explodoval nástražný výbušným systém nainštalovaný SIS.